Uniwersytet Techniczno-Przyrodniczy
Pierwsza uczelnia akademicka w Bydgoszczy. Powstała w 1951 roku. Początkowo UTP nosił nazwę Wieczorowa Szkoła Inżynierska. Od roku 1964 uczelnia kształci w trzech systemach: stacjonarnym, wieczorowym oraz zaocznym.
Uniwersytet Kazimierza Wielkiego
Największa uczelnia w mieście pod względem liczby profesorów, oferowanych kierunków i form kształcenia, jak również pod względem liczby studentów i absolwentów. Oferta edukacyjna realizowana jest na trzech poziomach kształcenia: studiów licencjackich i inżynierskich, studiów magisterskich uzupełniających oraz studiów doktoranckich.
Kujawsko-Pomorska Szkoła Wyższa
Została utworzona w 2000 roku. Założycielami są Helena i Roman Czakowscy. Szkoła funkcjonuje na zasadach non-profit, co oznacza, że ma charakter niezarobkowy, a cały zysk jest przeznaczany na inwestycje.
Bydgoska Szkoła Wyższa
BSW jest młodą uczelnią, istnieje od 2004 roku. Prowadzi studia w systemie stacjonarnym i niestacjonarnym. Uczelnia współpracuje z wieloma szkołami zagranicznymi.
Wyższa Szkoła Bankowa
Wydział zamiejscowy WSB istnieje w Bydgoszczy od 2002roku. Szkoła ta posiada system Extranet, który pozwala się kontaktować ze szkoła 24 godziny na dobę z dowolnego miejsca na ziemi. Szkoła ta daje również możliwość studiowania w Wielkiej Brytanii i zdobycia dyplomu Bachelor w Coventry University.
Wyższa Szkoła Gospodarki
Największa uczelnia niepubliczna w Polsce północnej. Powstała w 1999 roku. Początkowo miała tylko jeden kierunek i jedną specjalność. W 2004 roku na pięciu kierunkach mogło uczyć się już około 3 000 studentów. Teraz uczelnia ma 16 kierunków i ponad 80 specjalności.
Wyższa Szkoła Środowiska
Wyższa Szkoła Środowiska powstała w 1999 roku. Założycielem szkoły jest Fundacja Rudolfa Steinera z siedzibą w Prądocinie (k. Bydgoszczy). Studenci korzystają z bazy naukowo-badawczej w Prądocinie. Wyższa Szkoła Środowiska nawiązuje współpracę z wieloma zagranicznymi uczelniami.
Akademia Muzyczna
Akademia Muzyczna powstała w 1974 roku. Początkowo struktura szkoły była dwuwydziałowa. W roku 1979 Uczelni nadano imię wielkiego polskiego kompozytora Feliksa Nowowiejskiego. Jednym z najwybitniejszych absolwentów Akademii Muzycznej jest Rafał Blechacz, który w trakcie studiów wygrał w XV Międzynarodowym Konkursie Pianistycznym.